同志们我想问一个问题，关于TCGAbioolinks，由于网络问题适用GDCdownload一直无法下载，于是我使用了官网手动下载的方法，反复验证过在GDCqu...
🚨 错误信息
同志们我想问一个问题，关于TCGAbioolinks，由于网络问题适用GDCdownload一直无法下载，于是我使用了官网手动下载的方法，反复验证过在GDCquery中输出的results文件数、文件名与我手动下载的完全相同（identical为TURE），路径也都存起来在GDCdata里，但依旧在GDCprepare无法运行，报错提示无法找到query中的所有文件，请求各位老师在闲暇时间帮我看看，代码及报错如下：
cancer_type = "TCGA-LIHC"
expquery <- GDCquery(project = cancer_type,
data.category = "Transcriptome Profiling",
data.type = "Gene Expression Quantification",
workflow.type = "STAR - Counts"
)
expquery2 <- GDCprepare(query = expquery,directory = "GDCdata",summarizedExperiment = T)
报错如下：错误于GDCprepare(query = expquery, directory = "GDCdata", summarizedExperiment = T):
I couldn't find all the files from the query. Please check if the directory parameter is right or `GDCdownload` downloaded the samples.
🤖 AI解决方案
错误翻译
原文： I couldn't find all the files from the query. Please check if the directory parameter is right or GDCdownload downloaded the samples.
译文： 我无法找到查询中的所有文件。请检查目录参数是否正确，或确认 GDCdownload 是否已下载样本。
原因分析
这是 TCGAbiolinks 包中 GDCprepare() 函数的一个常见问题。根本原因是：
- 手动下载文件结构与
GDCprepare预期不符：虽然你确认了文件数量和文件名相同，但GDCprepare()内部会检查特定的子目录结构和元数据文件（如MANIFEST.txt、metadata.cart.json等）。 - 目录结构不完整：
GDCprepare()期望在"GDCdata"目录下看到 GDC 官方下载的完整目录树结构（通常包含病例UUID命名的子目录），而不仅仅是解压后的数据文件。 - 缺少清单文件：手动下载时可能缺少了关键的清单文件，这些文件用于验证和映射查询结果与实际文件。
解决方案
方法1：重建GDC标准目录结构（推荐）
# 1. 获取查询结果的文件列表
manifest <- getResults(expquery)
# 2. 查看查询返回的文件信息，特别是文件名和病例ID
head(manifest[, c("file_id", "file_name", "cases")])
# 3. 手动创建GDC预期的目录结构
# 通常GDC结构是：GDCdata/项目名/数据类型/文件名/
# 例如：GDCdata/TCGA-LIHC/gdc_download_xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx/
# 创建一个临时的GDC标准下载目录
temp_gdc_dir <- "temp_gdc_download"
dir.create(temp_gdc_dir, recursive = TRUE)
# 4. 将你的手动下载文件复制到正确的位置
# 假设你手动下载的文件在当前目录的 "my_downloads" 文件夹中
manual_files <- list.files("my_downloads", full.names = TRUE)
# 将文件复制到临时目录（保持原始文件名）
file.copy(manual_files, file.path(temp_gdc_dir, basename(manual_files)))
# 5. 使用临时目录运行GDCprepare
expquery2 <- GDCprepare(query = expquery,
directory = temp_gdc_dir,
summarizedExperiment = TRUE)方法2：使用read.table直接读取（如果只需要表达矩阵）
```r
1. 获取查询结果
results <- getResults(expquery)